Năm Đinh Hợi (1767) ông bệnh và mất, hưởng dương 51 tuổi, được truy tặng Tá lý công thần, Vinh lộc đại phu, thụy Văn Định.

Đến đời Minh Mạng, ông được truy tặng là Khai quốc Công thần, tước Nghi Biểu Hầu (儀表侯), Hiệp biên đại học sĩ, cho thờ ở Thái miếu (新明侯)[19].

Sông Tiền, đoạn chạy qua Tân Châu & Hồng Ngự[20]

Khi làm Tuần phủ Quảng Ngãi, ông có công đánh dẹp cuộc nổi dậy của bộ lạc người Hré ở Đá Vách [21] vào năm Canh Ngọ 1750, nhưng võ công đáng kể hơn cả chính là khi ông được nhận trọng trách trấn giữ biên cương Miền Nam từ năm Quý Dậu 1753 cho đến năm Kỷ Mão 1759. Nhờ kế sách "dĩ man công man"[22] và "tàm thực"[23], ông đã khéo léo thu cả miền đồng bằng sông Cửu Long về cho Đại Việt.

Học giả Vương Hồng Sển sau kể chuyện Nguyễn Cư Trinh, một vị tướng văn võ toàn tài, đã có công mở cõi, ông còn viết:

Nguyễn Cư Trinh lại rất có công về cuộc phòng thủ lâu dài.Ông giỏi phương pháp "dĩ địch chế địch" nên đặt người Côn Man thủ Tây Ninh và Hồng Ngự...Về mặt thủy đạo, ông sai lập đồn hai bên sông Cửu Long gần biên giới...để làm hậu thuẫn.Ông Cư Trinh lại rất giàu sáng kiến. Ông lo tổ chức sự an ninh vùng đất mới, đảm bảo sự thông thương buôn bán trên vùng rạch hồ...Nguyễn Cư Trinh còn là một văn nhơn tài tử, ông thường ngâm vịnh, sang Phương Thành (Hà Tiên) nhập Chiêu Anh Các xướng họa cùng Mạc Thiên Tứ. Hai người rất là tương đắc, Thiên Tứ có ra mười bài "Hà Tiên thập cảnh vịnh" (nay còn truyền tụng). Cư Trinh có họa đủ mười bài.Kể lại trong Nam, đời ấy công nghiệp lớn nhất có hai ông: Nguyễn Cư Trinh và Mạc Thiên Tứ. Ông trước cầm binh ra trận, thi phú tài tình; Ông sau giỏi ngón ngoại giao và văn chương tao nhã. Cả hai mở rộng bờ cõi Miền Nam cho chúng ta được hưởng ngày rày.[24]

Sách Hợp tuyển thơ văn Việt Nam có đoạn:

Nguyễn Cư Trinh có công trong việc ổn định bờ cõi nước nhà...Ông dùng binh cương quyết, nhưng khi đạt được mục đích quân sự thì dùng chính sách khoan hồng nhân đạo, đồng thời chăm lo mở mang sinh kế cho nhân dân, nên đạt kết quả chắc chắn và lâu dài. Ông bênh vực kỷ cương Nho giáo chống lại các thứ mê tín thịnh hành lúc bấy giờ. Vào cuối đời, ông dâng sớ tố cáo tệ quan trường nhũng nhiễu do sự chấp chính của quyền thần Trương Phúc Loan...[25]